Le cause per cui si diventa intolleranti sono molteplici e le esamineremo in questa sezione.

Errato stile di vita, scorretta alimentazione, alterano nel tempo l'integrità della mucosa intestinale facendo venir meno la sua capacità di barriera selettiva: E' così che si crea il presupposto per l'insorgenza dell'intolleranza alimentare.
Le giunzioni fra le celllule si lassano, le maglie del filtro si allargano e così viene lasciato libero il passaggio a particelle di cibo non completamente digerito, a tossine a patogeni... che fanno il loro indesiderato ingresso nel nostro organismo.

All'origine vi è sempre la compromissione della flora batterica residente, alla cui alterazione concorrono:
- errato stile di vita alimentare.
- assunzione di cibi oggi sempre più ricchi di additivi chimici e pesticidi. 
- presenza diffusa di metalli pesanti. 
- stress. 
- candidosi sistemica (un'infezione causata da un fungo - la candida - che diventa aggressivo invadendo la mucosa e penetrando nella barriera difensiva.
- abuso di farmaci (anti-ulcera, lassativi, antinfiammatori, e, primi fra tutti, antibiotici).

Questi fattori, e molti altri ancora, alterano la mucosa intestinale che sempre più simile ad un "colabrodo" permette alle sostanze dannose (macromolecole alimentari comprese) di passare indisturbate.